Die NEOS-Musikstiftung verfolgt entsprechend Ihrer Satzung die Absicht, vielversprechende Komponisten und Komponistinnen mit einer schon eigenen Tonsprache im ästhetischen Sinne, bei der Herstellung von Notenmaterial und Produktion und Herstellung von Tonträgern, sowie deren Publikation zu unterstützen. Eine weitere wichtige Intention der Stiftung ist es, das geistige Erbe geschichtsphilosophisch bedeutender Komponisten und Komponistinnen zu bewahren.

Die NEOS Musikstiftung soll vor allem zeitgenössische Musik fördern und den Nachlass des Stiftungsgründers Ernst Helmuth Flammer und anderer hochrangiger Künstler wahren, pflegen und fördern.

Ein möglicher Schwerpunkt ist das Werk jüdischer Künstlerinnen und Künstler aus dem 20. und 21. Jahrhundert. Durch Konzerte und Symposien wird die Stiftung ein nachhaltiges Podium für Musikerinnen und Musiker schaffen, die sonst vergessen oder gesellschaftlich ausgegrenzt würden und in der Vergangenheit wurden. Auch Nachlässe anderer Musikautoren sollen archivarisch gewahrt werden und durch wissenschaftlich editorische Arbeiten am Leben erhalten werden.

Weiter ist es die Absicht der NEOS Musikstiftung vom Dritten Reich geächtete Werke zu Tage zu fördern.